Perkumpulan Kanjeng Sepuh mungkin sebagai satu-satunya sekolah yang memakai Dual System Education di wilayah sidayu gresik, Jawa Timur. Dual System ini adalah diberlakukannya sistem pendidikan nasional dan sistem pendidikan pondok pesantren. jadi di samping materi pelajaran yang diajarkan adalah berdasarkan kurikulum pendidikan nasional, Perkumpulan Kanjeng Sepuh juga mengajarkan materi pelajaran yang diajarkan di banyak pondok-pondok pesantren antara lain Nahwu, Shorof, Manteq, Balaghoh dan banyak muatan lokal yang lain.

Dipakainya Dual System Education ini dimaksudkan agar lulusan Perkumpulan Kanjeng Sepuh di samping menguasai ilmu pengetahuan umum juga agar lulusan Perkumpulan Kanjeng Sepuh menguasai ilmu agama yang cukup yang sangat dibutuhkan setelah ia lulus dan bergaul di masyarakat.